Lo studente può impostare fra 16 sostanze quella da far diffondere nell'apparecchio di Clack alla concentrazione iniziale desiderata, può stabilire la temperatura alla quale far evolvere la situazione e fissare l'intervallo di tempo fra le due misurazioni della concentrazione nel recipiente superiore.
Le sostanze fra le quali scegliere quella da far diffondere non sono elencate in modo casuale. Le prime sostanze hanno raggio molecolare più basso, le ultime più alto. Osservando più simulazioni è facile accorgersi che le sostanze con raggio molecolare minore diffondono più rapidamente. Questo può portare a fare considerazioni interessanti che comunque verranno esplicitate nella sezione dedicata all'analisi microscopica.