Lo svantaggio più ovvio degli ipermedia è il fatto che, per essere utilizzabili, hanno bisogno del calcolatore. Questo ai giorni nostri, purtroppo, è ancora discriminante, anche se sempre in misura minore, specialmente nell' ambito di certe classi.
Un altro problema subito evidente è la scarsa portabilità rispetto ai documenti ``tradizionali'' su carta.
Occorre poi prestare molta attenzione nella costruzione dei links per far si che l'utente non si disorienti facilmente. Durante la navigazione è possibile perdere l'orientamento, cioè non riuscire più a capire dove ci si trova e come fare per andare in un altro posto. Questo è spiacevole in qualsiasi tipo di documento ed è assolutamente da evitare in pacchetti didattici, dove si suppone che l'utente decida sempre consapevolmente dove andare.
Il decidere quale collegamento seguire comporta quella che viene definita ``spesa cognitiva'' da parte dell'utente. Questo processo può far perdere tempo ed essere fonte di distrazione. Ovviamente l'entità del problema è proporzionale al numero di ancore. Va da sè quindi che il valore di un documento ipermediale non aumenta con il numero di ancore, anzi, è preferibile limitare il numero di collegamenti per non creare ciò che viene chiamato ``spaghetti document''.
Un'altra spesa cognitiva è quella dell'autore del documento che deve preoccuparsi dell'organizzazione dell'ipermedia, della creazione dei nodi e relative ancore. Migliore è la qualità del lavoro dell'autore, minore sarà la spesa cognitiva dell'utente.
È stato anche detto che l'uso degli ipermedia come tecnologia per l'insegnamento solleva problemi molto delicati dal momento che materiale di questo tipo non assicura che l'utente riceva un riscontro sufficiente in seguito alle sue azioni. Con ciò si vuol dire che l'utente ha una possibilità ristretta di interazione e questo non assicura il suo pieno coinvolgimento nel processo di apprendimento a livello profondo [13]. Ecco dunque ancora una volta emergere il problema della interattività: è di estrema importanza inserire in un pacchetto didattico passaggi ove venga richiesto esplicitamente l'intervento diretto dell'utente, al fine di ottenere risultati (simulazioni, grafici, disegni...) creati in funzione delle richieste dello studente.